Ustawa o podatku tonażowym jest aktem prawnym regulującym sposób opodatkowania dochodów (przychodów) osiąganych przez wąski krąg podatników tj. armatorów eksploatujących statki handlowe w żegludze międzynarodowej, z wykorzystaniem statków o pojemności brutto powyżej 100 GT każdy, w zakresie:
1) transportu ładunków lub pasażerów,
2) holowania pełnomorskiego, pod warunkiem, że co najmniej 50% przychodów
Z działalności faktycznie wykonywanej w ciągu roku przez holownik stanowią przychody uzyskane z usługi holowania innego niż holowanie do portu i z portu oraz w granicach portu,
3) ratownictwa pełnomorskiego,
4) pogłębiania, pod warunkiem, że co najmniej 50% przychodów z całości działalności faktycznie wykonywanej w ciągu roku przez pogłębiarkę stanowią przychody z transportu wydobytych materiałów na pełnym morzu.
Podstawę opodatkowania podatkiem tonażowym stanowi dochód armatora z jego działalności, odpowiadający iloczynowi stawki dobowej (dobową stawkę ustala się w zależności od pojemności netto statku od każdych 100 NT) oraz okresu eksploatacji w danym
miesiącu wszystkich statków armatora, z których dochód opodatkowany jest podatkiem tonażowym. Podstawa opodatkowania ulega obniżeniu o kwotę składek określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, zapłaconych w roku podatkowym bezpośrednio przez armatora będącego osobą fizyczną lub armatora będącego osobą fizyczną będącą wspólnikiem spółki osobowej na własne ubezpieczenia emerytalne, rentowe, chorobowe oraz wypadkowe oraz osób z nim współpracujących.
Wybór opodatkowania podatkiem tonażowym następuje przez złożenie przez armatora oświadczenia o wyborze takiej formy opodatkowania. Oświadczenie składa się do organu podatkowego właściwego w sprawach podatku tonażowego, którym jest naczelnik urzędu skarbowego właściwy w sprawach podatku dochodowego. Oświadczenie składa się do dnia 20 stycznia pierwszego roku podatkowego okresu opodatkowania, a jeżeli armator rozpoczyna wykonywanie działalności w trakcie roku podatkowego – do dnia poprzedzającego dzień rozpoczęcia tej działalności.
Armator podlega opodatkowaniu podatkiem tonażowym przez okres opodatkowania wskazany w oświadczeniu, ale nie krótszy niż 5 lat podatkowych. W okresie opodatkowania nie jest możliwa zmiana formy opodatkowania. Opodatkowanie podatkiem tonażowym ulega przedłużeniu na kolejne 5 lat, chyba, że armator, w terminie do dnia 20 stycznia roku podatkowego następującego po okresie opodatkowania, złoży organowi podatkowemu właściwemu w sprawach podatku tonażowego pisemne oświadczenie o rezygnacji z tej formy
opodatkowania. W przypadku zakończenia działalności w okresie opodatkowania ponowny wybór opodatkowania podatkiem tonażowym może nastąpić nie wcześniej niż po upływie 3 lat podatkowych, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym armator zakończył działalność lub zrezygnował z opodatkowania podatkiem tonażowym.