Szczególna właściwość sądów administracyjnych przejawia się w tym, że:
1. Do sądów administracyjnych należy rozstrzyganie sporów o właściwość pomiędzy organami jednostek samorządu terytorialnego i między samorządowymi kolegiami odwoławczymi, o ile odrębna ustawa nie stanowi inaczej (m.in. Kodeks Postępowania Administracyjnego – KPA) oraz spory kompetencyjne między organami tych jednostek a organami administracji rządowej.
Po raz pierwszy ta ustawa, w ramach przepisów prawa administracyjnego, stara się rozróżnić spór o właściwość i spór kompetencyjny. W rozumieniu art. 4 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Ppsa) można powiedzieć, że spór o właściwość to spór w obrębie administracji samorządowej, tj. między organami jednostek samorządu terytorialnego – j.s.t.) i ewentualnie między Samorządowymi Kolegiami Odwoławczymi (SKO w nomenklaturze administracyjnej – procesowej jest organem samorządowym, choć z punktu widzenia ustrojowego czy finansowego, można by się zastanawiać czy nie nazwać go jednak organem administracji rządowej, z punktu widzenia nadzoru czy finansowania. Jednak k.p.a. mówi, że to organ samorządu terytorialnego). Kolegium – wg ordynacji podatkowej – instancyjnie jest organem samorządowym.
Spór kompetencyjny – to spór między dwoma postaciami administracji publicznej w Polsce- między rządową a samorządową.
To rozróżnienie ma jedno znaczenie: gdy mamy do czynienia ze sporem kompetencyjnym –
w tym przypadku zawsze właściwy jest sąd administracyjny (droga sądowa). Gdy mamy spór o właściwość – sąd administracyjny jest właściwy tylko o tyle, o ile odrębny przepis nie stanowi inaczej. Inaczej stanowi m.in. k.p.a. w art. 22, który reguluje problem sporów o właściwość – kazuistyczny przepis, który wymienia organy rozstrzygające spory o właściwość. Z k.p.a. wynika więc, że trzeba najpierw odpowiedzieć na pytanie czy dwa organy samorządowe pozostające w sporze (niezależnie czy będzie to spór pozytywny czy negatywny) mają wspólny organ wyższego stopnia np. czy mają wspólne SKO – domniemanie mówi bowiem o właściwości SKO jako organu wyższego stopnia w stosunku do organów j.s.t. (najpierw ustalamy organ wyższego stopnia dla danego organu i sprawdzamy, czy jest wspólny dla obydwu pozostających w sporze – jeżeli jest taka sytuacja, ten wspólny organ rozstrzyga spór o właściwość, gdy brak takiego organu – spór rozstrzyga sąd administracyjny).
SKO ciągle jest 49 – nieadekwatnie do jednostki podziału zasadniczego jakim jest województwo. Żeby rozstrzygnąć, czy spór o właściwość należy do sądu, muszę rozstrzygnąć, które SKO jest organem wyższego stopnia dla organów samorządowych pozostających w sporze. Np. prezydent Katowic i prezydent Sosnowca – jest więc jedno SKO katowickie, które będzie organem wyższego stopnia dla obydwu organów. Prezydent Sosnowca (SKO katowickie) i prezydent Zawiercia (SKO częstochowskie) – spór o właściwość – choć rodzajowo może być taki sam – uruchamia drogę sądową – nie można bowiem wytypować wspólnego organu wyższego stopnia.
2. Spór kompetencyjny i spór sądowy o właściwość z punktu widzenia swoistej właściwości instancyjnej, to wyłączna właściwość NSA (art. 15 § 1 pkt 4 Ppsa); rozwiązanie to (pominięcie wojewódzkich sądów administracyjnych) spotkać się może z zarzutem, że de facto to postępowanie jednoinstancyjne – ale zwyciężyły względy racjonalności (gdyby się bowiem spierał się prezydent miasta Katowice z prezydentem miasta Krakowa, to musielibyśmy poszukiwać dodatkowego łącznika – czy to ma być wojewódzki sąd gliwicki czy sąd krakowski). Postępowanie przed NSA jest więc postępowaniem jednoinstancyjnym, a orzeczenie w nim wydane jest niezaskarżalne.