Zgodnie z generalną zasadą podstawą opodatkowania w VAT jest obrót – a zatem kwota należna z tytułu sprzedaży netto. W pewnych przypadkach obrót może zostać zwiększony o otrzymane przez podatnika dotacje i subwencje. Jakich sytuacji to dotyczy?
Dotacje i subwencje otrzymane przez podatnika mogą być wliczane do podstawy opodatkowania dostarczonych towarów lub wykonanych usług tylko po spełnieniu określonych warunków. Zgodnie z art. 29 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług obrót zwiększa się o otrzymane dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze, ale tylko te, które mają bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika, pomniejszone o kwotę należnego podatku. Ten bezpośredni wpływ na cenę pojawi się na przykład w przypadku, gdy podmiot trzeci dopłaci do ceny świadczonej usługi lub dostarczonego towaru.
Oznacza to w szczególności, że nie wchodzą do podstawy opodatkowania takie dotacje i subwencje, które w ogóle nie mają wpływu na cenę towaru lub usługi, lub ich wpływ na tę cenę jest jedynie pośredni. Stąd nie będzie doliczana do obrotu, np. dotacja do kosztów konkretnych zakupów podatnika, czy ogólnych kosztów działalności podatnika, gdyż jej wpływ na cenę dostarczanych towarów czy świadczonych usług może mieć charakter jedynie pośredni.
W przypadku gdy podatnik nie wykazuje w ogóle obrotu, natomiast otrzymał dotację, wówczas dotacja taka sama w sobie nie będzie stanowić podstawy opodatkowania. Dotacja nie jest bowiem płatnością z tytułu dostarczonych towarów czy wykonanych usług, a zatem staje się elementem podstawy opodatkowania tylko w tym jedynym przypadku, w którym jej otrzymanie ma bezpośredni wpływ na cenę czynności opodatkowanej. Dotacje na pokrycie ogólnych kosztów działalności są neutralne na gruncie VAT.
Pieniądze z dotacji UE są zwolnione z podatku. Wydatki firmy pokryte z dotacji UE nie mogą stanowić kosztów, bo zwolnieniu z CIT podlega cały przychód z dofinansowania. Jak wynika z art. 17 ust. 1 pkt 47 i 48 ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2000 r. nr 54, poz. 654 z późn. zm.) również dotacje otrzymane z budżetu państwa lub samorządu są zwolnione od podatku dochodowego. Programy operacyjne, w tym np. program Kapitał Ludzki 2007 – 2013, są środkami publicznymi.
Taka kwalifikacja środków z dotacji unijnych powoduje, że są one zwolnione z CIT.
Wydatki pokryte z tej dotacji nie mogą stanowić kosztów uzyskania przychodu. Zwolnieniu podlega kwota dotacji i jest to zwolnienie dotyczące przychodu.
Otrzymane dotacje, mimo że zwolnione z podatku, trzeba jednak wykazać w zeznaniu podatkowym.