Ceny nieruchomości ustalane są w ramach kryterium wartości rynkowej na podstawie operatu sporządzonego przez biegłego rzeczoznawcę majątkowego. Określona w ten sposób wartość nieruchomości stanowi jej cenę wywoławczą w razie przeznaczenia jej do sprzedaży (należy przypomnieć, ze zasadą jest sprzedaż w drodze przetargu z wyjątkami). Oczywiście cena ostateczna jest ustalana w toku postępowania przetargowego. W przypadku sprzedaży prawa własności cena ostateczna jest ceną transakcyjną.
W przypadku sprzedaży prawa użytkowania wieczystego natomiast cena ostateczna jest podstawą do ustalenia opłat z tego tytułu . Są to dwie opłaty:
a) pierwsza opłata roczna (15-25% ceny nieruchomości ustalonej w wyniku przetargu),
b) kolejna opłata roczna (jej wysokość uzależniona jest od przeznaczenia nieruchomości określonej w umowie o oddaniu nieruchomości w użytkowanie wieczyste i kształtuje się do 3% wartości nieruchomości).
Art. 72 ust. 3 ustawy o gospodarce nieruchomościami wprost podaje te stawki:
3. Wysokość stawek procentowych opłat rocznych z tytułu użytkowania wieczystego jest uzależniona od określonego w umowie celu, na jaki nieruchomość gruntowa została oddana, i wynosi:
1) za nieruchomości gruntowe oddane na cele obronności i bezpieczeństwa państwa, w tym ochrony przeciwpożarowej – 0,3 % ceny;
2) za nieruchomości gruntowe pod budowę obiektów sakralnych wraz z budynkami towarzyszącymi, plebanii w parafiach diecezjalnych i zakonnych, archiwów i muzeów diecezjalnych, seminariów duchownych, domów zakonnych oraz siedzib naczelnych władz kościołów i związków wyznaniowych – 0,3 % ceny;
3) za nieruchomości gruntowe na działalność charytatywną oraz na niezarobkową działalność: opiekuńczą, kulturalną, leczniczą, oświatową, wychowawczą, naukową lub badawczo-rozwojową – 0,3 % ceny;
3a) za nieruchomości gruntowe oddane na cele rolne – 1 % ceny;
4) za nieruchomości gruntowe oddane na cele mieszkaniowe, na realizację urządzeń infrastruktury technicznej i innych celów publicznych oraz działalność sportową – 1 % ceny;
4a) za nieruchomości gruntowe na działalność turystyczną – 2 % ceny;
5) za pozostałe nieruchomości gruntowe – 3 % ceny.
Jeśli po sprzedaży prawa użytkowania wieczystego zmienia się faktyczne przeznaczenie nieruchomości, to zmienia się wysokość opłaty rocznej. Druga sytuacja to częściowa zmiana przeznaczenia nieruchomości (np. parter domu jednorodzinnego został przeznaczony na działalność gospodarczą) -wówczas stosuje się opłatę korzystniejszą (niższą) dla użytkownika wieczystego (orzecznictwo Samorządowych Kolegiów Odwoławczych jest bogate odnośnie tej sprawy).