Traktat jest niestety niespójny, składa się z wielu części i czyta się go fatalnie. Na gruncie prawa unijnego przy nowelizacjach zmienia się numerację, inaczej niż u nas w prawie krajowym kiedy powstają znaczki 1,2,3 nad artykułami. Czasami te artykuły skaczą po całym tekście, co bardzo utrudnia lekturę. Dlatego warto czytać ten tekst z opracowaniem tekstu traktatu w wersji z tabelkami.
Zasady pozostają aktualne, natomiast zmienia się numeracja artykułów. Systematyka traktatu jest ważna. Traktat Lizboński wprowadził tyle zmian do traktatu o Wspólnocie Europejskiej i tyle zmian do Traktatu o Unii Europejskiej, że zaczyna się wersjami tego traktatu. Zawiera znowelizowane wersje innych aktów prawnych. Dokonano zmian numeracji, niektóre części poprzenoszono pomiędzy traktatami, o czym trzeba wiedzieć. Ponieważ zlikwidowano Wspólnotę Europejską przymiotnik wspólnotowy zmienia się na unijny. Zmieniono też nazwę Traktatu Rzymskiego TWE na Traktat o funkcjonowaniu Unii Europejskiej.
Proces uwspólnotowienia uwidoczniony zwłaszcza w tym traktacie polega na tym, że coraz szersze obszary podlegają integracji. Traktat Lizboński był takim najbardziej burzliwym momentem integracji, nie ma tu jednak wcale takich rewolucyjnych zmian. Największą zmianą jest uciążliwość związana ze strukturą źródeł prawa, którą teraz mamy. Natomiast prócz tej zasady pierwszeństwa nie ma tu jakiś dużo większych zmian. UE dąży cały czas do ujednolicania wszystkich aktów. Gdy były trzy filary, to istniały systemy źródeł prawa. To były np. decyzje ramowe, to były dyrektywy.
Zmiany w traktacie są robione, by to prawo ujednolicić, jednak jest to robione tak delikatnie z uwagi na względy natury politycznej.
Większe zmiany, które wniósł Traktat Lizboński:
• Dodanie w preambule Traktatu nawiązania do dziedzictwa Europy – nie jest to jednak żadna ważna zmiana
• Uzyskanie osobowości prawnej przez UE – dotychczas osobowość posiadały Wspólnoty. Wcześniej podpisywało się umowy ze Wspólnotami – WE. TWE (Traktat o Wspólnocie Europejskiej) stał się TFUE- Traktatem o funkcjonowaniu UE. A tam gdzie występował przymiotnik wspólnotowy zastąpiono go „unijnym”.
• Dodano klauzulę wyjściową – umożliwiono wystąpienie z UE. Kiedyś istniało jedynie zawieszenie członkostwa.
• Wprowadzono nowe stanowiska i organy. Wprowadzono Szefa Rady Europejskiej. Rada Europejska była jedynym organem unijnym, pozostałe organy były organami Wspólnot. Szef Rady to Prezydent Europy (obecnie piastuje tę funkcję były premier Belgii – van Rompuy). Jego kompetencje są jednak bardzo ograniczone (podobnie jak prezydenta w Niemczech. Wprowadzono też nowe stanowisko- Wysoki Przedstawiciel ds. polityki zagranicznej i bezpieczeństwa- to taki minister spraw zagranicznych- II filar ma zatem swojego szefa.
• Przebudowa strukturalna Trybunału Sprawiedliwości – w I instancji jest Sąd (kiedyś Sąd I instancji) oraz niewielka zmiana procedury. Zmiana nazwy na Trybunał Sprawiedliwości UE. Działa on na podstawie Statutu Trybunału, Regulaminu TS UE, Regulaminu Dodatkowego, Regulaminu Sądu, noty informacyjnej dotyczącej składania przez sądy krajowe wniosków.
• Zmiana statusu prawnego Karty Praw Podstawowych – do tej pory była jedynie Deklaracją (nie różniła się niczym od Powszechnej Deklaracji Praw Człowieka i Obywatela), obecnie jest częścią Traktatu. W zależności od tego na gruncie jakiego prawa pozostajemy te same prawa w tym samym sensie materialnym noszą różną nazwę: praw i wolności człowieka i obywatela, praw człowieka, konstytucyjnych wolności albo praw fundamentalnych. To jest wszystko jest to samo np. prawo do życia, wolność słowa będzie w zależności od tego, na jakim gruncie to rozpatrujemy, czy na gruncie unijnym, krajowym czy międzynarodowym, nazwane prawem człowieka, prawem obywatela albo prawem fundamentalnym. W UE materia praw człowieka zwana jest prawami fundamentalnymi. Tak to się ukształtowało w orzecznictwie i tak jest do tej pory.
• Nieznaczne, ale istotne zmiany w systemie źródeł prawa – „zlano” I i III filar w jedno i wprowadzono hierarchię pewnych aktów, np. rozporządzenie i rozp. wykonawcze, dyrektywy i dyrektywy wykonawcze.
• Wprowadzono inicjatywę ustawodawczą dla obywateli – wymagany 1 mln głosów.