Najwyższa Izba Kontroli jest naczelnym, kolegialnym organem kontroli państwowej. Izbą kieruje Prezes Najwyższej Izby Kontroli, którym do 22 sierpnia 2013 jest Jacek Jezierski. Prezes, wiceprezesi, dyrektor generalny NIK, 7 przedstawicieli nauk ekonomicznych lub prawnych oraz 7 dyrektorów kontrolnych jednostek organizacyjnych lub radców Prezesa NIK tworzą kolegium NIK. Istotą NIK jest niezależność od władzy wykonawczej i sądowniczej, a odpowiedzialność jedynie przed Sejmem, na co wskazuje Konstytucja RP i ustawa o NIK. Najwyższa Izba Kontroli składa przed Sejmem sprawozdanie ze swojej działalności. Ta niezależność stanowi podstawę funkcjonowania NIK i wykonywania swoich uprawnień w sposób należyty. W związku z tym NIK musi zawsze pozostać organem apolitycznym, niezależnie od tego kto w danym czasie sprawuje władzę w kraju.
NIK posiada trzy rodzaje uprawnień. Do uprawnień zatwierdzających należy zatwierdzenie analizy wykonania budżetu państwa i założeń polityki pieniężnej, a także zaakceptowanie sprawozdania z własnej działalności w roku ubiegłym. Do kompetencji stanowiących należy uchwalanie opinii dotyczącej absolutorium dla Rady Ministrów, wnioski w sprawie rozpatrzenia przez Sejm problemów związanych z działalnością organów wykonujących zadania publiczne, wystąpienia w których przedstawiane zarzuty wynikające z kontroli działalności osób wchodzących w skład m.in. Rady Ministrów. NIK ponadto uchwala akty prawne dotyczące własnej działalności takie jak statut, budżet, a także roczny plan pracy. Zgodnie z art. 54 ust. 3 NIK rozpatruje zastrzeżenia do wystąpień pokontrolnych.
Kontrola NIK odbywa się pod ściśle wyrażonymi kryteriami, a więc pod względem legalności, gospodarności celowości i rzetelności. Dotyczy to organów administracji rządowej, Narodowego Banku Polskiego, a także państwowych osób prawnych i innych państwowych jednostek organizacyjnych. NIK bada realizację ustaw i innych aktów prawnych, wykonanie budżetu państwa, realizację zadań audytu wewnętrznego tych jednostek w zakresie działalności gospodarczej, finansowej czy organizacyjno-administracyjnej (art. 3 ustawy o NIK). Podczas kontroli pozostałych jednostek, takich jak np. Kancelaria Prezydenta, Sejmu Senatu, Trybunał Konstytucyjnego czy Sądu Najwyższego obejmuje wykonanie budżetu państwa, realizacje zadań audytu wewnętrznego oraz gospodarkę finansową i majątkową. Co do niektórych z podmiotów wymienionych w art. 4 ust.1 ustawy o NIK jest możliwość rozszerzenia kontroli do tej porównywalnej z wymienionymi w art.203 ust. 1 Konstytucji RP, a wskazanymi powyżej.
W odniesieniu do organów samorządu terytorialnego kontrola jest przeprowadzana w oparciu o kryteria legalności, gospodarności i rzetelności. Zatem w odróżnieniu od organów państwowych i państwowych jednostek organizacyjnych, nie podlega kontroli realizacja czy działania prowadziły do osiągnięcia wyznaczonego celu. NIK może kontrolować także inne jednostki organizacyjne i przedsiębiorców, ale tylko w takim zakresie w jakim wykorzystują majątek państwowy, środki państwowe lub majątek i środki komunalne, a także w jakim wywiązują się z zobowiązań na rzecz państwa. W takim wypadku kontrola wykonywana jest w oparciu o kryterium legalności i gospodarności.