Najogólniej rzecz biorąc organami postępowania wykonawczego zgodnie z art. 2 Kodeksu karnego wykonawczego są:
- sąd pierwszej instancji,
- sąd penitencjarny,
- prezes sądu lub upoważniony sędzia,
- sędzia penitencjarny,
- dyrektor zakładu karnego, aresztu śledczego, a także dyrektor okręgowy i Dyrektor Generalny Służby Więziennej albo osoba kierująca innym zakładem przewidzianym w przepisach prawa karnego wykonawczego oraz komisja penitencjarna,
- sądowy kurator zawodowy,
- sądowy lub administracyjny organ egzekucyjny,
- urząd skarbowy,
- odpowiedni terenowy organ administracji rządowej lub samorządu terytorialnego,
- inny organ uprawniony przez ustawę do wykonywania orzeczeń.
Organy te są uprawnione do wykonywania orzeczeń w sprawach karnych i o wykroczenia, w tym o przestępstwa i wykroczenia skarbowe, a także kar porządkowych i środków przymusu skutkujących pozbawieniem wolności.
W literaturze występują różne podziały organów postępowania wykonawczego, jednym z nich jest podział ze względu na charakter funkcji w postępowaniu wykonawczym:
- organy sądowe orzekające w postępowaniach incydentalnych w toku wykonywania kary,
- organy nadzorujące wykonanie kary,
- organy pozasądowe i sądowe wykonujące bezpośrednio orzeczenia,
- organy pozasądowe pomagające w wykonywaniu orzeczenia, mające przy tym swój odrębny zakres pracy.
Inną klasyfikacją jest podział na:
- organy orzekające w sądowym postępowaniu wykonawczym,
- sądowe organy biorące udział w wykonywaniu orzeczeń,
- pozasądowe organy wykonujące orzeczenia sądowe.
Do pierwszej grupy należą:
- sąd pierwszej instancji,
- sąd penitencjarny.
Właściwymi sądami powszechnymi w postępowaniu wykonawczym są sąd rejonowy lub sąd okręgowy. Są to te same sądy, które wydały orzeczenie w pierwszej instancji, są one właściwe we wszystkich sytuacjach postępowania wykonawczego, za wyjątkiem spraw przekazanych do właściwości innych organów. Są one uprawnione do orzekania m.in.: w sprawie: zawieszenia i umorzenia postępowania wykonawczego, zatarcia skazania, zamiany kar np.: grzywny na pracę społecznie użyteczną, uznania za wykonany określony środek karny, podjęcia postępowania karnego warunkowo umorzonego, rozpoznania skarg na niezgodne z prawem decyzje organów wykonawczych, rozstrzygania wątpliwości co do wykonania orzeczenia lub zarzutów co do obliczenia kary. Z kolei sądem penitencjarnym jest sąd okręgowy (wydział penitencjarny w sądzie okręgowym). Jest on uprawniony do orzekania np.: w sprawie stosowania leczenia lub rehabilitacji wobec skazanego pozbawionego wolności uzależnionego od alkoholu albo środków odurzających lub w sprawie warunkowego zwolnienia z odbywania reszty kary pozbawienia wolności.
Do drugiej grupy zaliczamy:
- prezesa sądu lub upoważnionego sędziego, którzy zajmują się dopuszczeniem do udziału w postępowaniu przed sądem osobę godną zaufania jako przedstawiciela skazanego,
- sędziego penitencjarnego, który uprawniony jest do wizytacji sądu, jednostek organizacyjnych, zakładów karnych i aresztów śledczych,
- sądowego kuratora zawodowego, który organizuje i prowadzi działania mające na celu pomoc skazanym w społecznej readaptacji,
- sądowy organ egzekucyjny, którym jest komornik. Egzekwuje on zasądzone roszczenia cywilne czy świadczenia pieniężne w przypadku nieuiszczenia ich przez skazanego.
Trzecia grupa to dyrektor zakładu karnego, aresztu śledczego, a także dyrektor okręgowy i Dyrektor Generalny Służby Więziennej albo osoba kierująca innym zakładem przewidzianym w przepisach prawa karnego wykonawczego oraz komisja penitencjarna. Ich uprawnienia uregulowane są ustawą z dnia 26 kwietnia 1996 r. o Służbie Więziennej.