Zasadą jest, że trwały zarządca ponosi z tego tytułu opłatę roczną. Wysokość tej opłaty jest wypadkową wartości nieruchomości oraz celu, na który nieruchomość jest wykorzystywana.
Różnice w opłatach pomiędzy użytkowaniem wieczystym i trwałym zarządem:
– trwały zarządca nie ponosi pierwszej opłaty,
– stawka procentowa opłaty za trwały zarząd jest niższa (maksymalnie 1%),
– opłata za trwały zarząd ustalana jest w drodze decyzji administracyjnej,
– inny jest przedmiot opłaty (użytkowanie wieczyste – tylko od gruntu, trwały zarząd – od całej nieruchomości łącznie z obiektami budowlanymi).
Aktualizacja opłaty za trwały zarząd jest znacznie prostsza, Jest ona dokonywana decyzją administracyjną, stąd inny tryb odwoławczy, tj. taki jak w Kodeksie Postępowania Administracyjnego – odwołanie, a potem ewentualna skarga do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego.