Jeden z działów ordynacji podatkowej mówi o organach podatkowych. W zasadzie podstawowymi organami podatkowymi są te I instancji, czyli są to naczelnicy urzędów skarbowych (nie urzędy skarbowe), naczelnicy urzędów celnych, wójt, burmistrz, prezydent miasta, w zależności od wielkości gminy czy miasta oraz starosta i wojewoda, oczywiście w zakresie tych podatków, opłat i należności, które według ustawy przypisane są dochodowi tej jednostki. Organem II instancji w stosunku do naczelników Urzędów Skarbowych jest dyrektor izby skarbowej, w stosunku do naczelników Urzędów Celnych – dyrektor izby celnej, a w stosunku do organów samorządu terytorialnego – samorządowe kolegia odwoławcze. Organem II instancji bywa też Minister Finansów, ale to jest przypadek rzadki, a wyjątkowo może być też organem I instancji jeżeli np. wszczyna z urzędu postępowanie w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji. Minister Finansów jest organem II instancji w zakresie decyzji dyrektora izby skarbowej w tej samej sprawie, czyli wznowienia postępowania albo stwierdzenia nieważności decyzji na wniosek. Natomiast urząd kontroli skarbowej jako instytucja ma swoją odrębną ustawę i nie mieści się w strukturze organów I i II instancji opisanej w Ordynacji Podatkowej, jednak trzeba pamiętać, że decyzje dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej (UKS) są zaskarżane do dyrektora izby skarbowej jako organu II instancji. Trudno tu mówić o relacji podległości czy zależności. UKS-y zajmują się trochę innymi rzeczami niż Urzędy Skarbowe, co nie znaczy, ze nie mogą zajmować się wszystkim. One się zajmują głównie VAT-em, akcyzą i nieujawnionymi dochodami. Ordynacja powiada, że Rada Ministrów może także ustanowić inne organy podatkowe w rodzaju ABW, CBA, SWW.
Interpretacje prawa podatkowego
Ta instytucja istnieje nie od początku istnienia ordynacji podatkowej. Funkcjonowała na początku w ten sposób, że podatnik zwracał się do naczelnika urzędu skarbowego z pytaniem dotyczącym jego zobowiązań podatkowych, potem zniesiono tę procedurę, bo zdarzało się, że podatnicy w tej samej sytuacji, a nawet dokonujący tej samej transakcji, ale np. mający siedzibę jeden w jednym mieście, a drugi w innym mieście, dostawali przeciwne interpretacje. W tej chwili interpretacji udziela Minister Finansów, co jest swoistą fikcją, bo Minister ten upoważnił czterech dyrektorów Izb Skarbowych do udzielania takich informacji.
Na czym polega to udzielanie interpretacji ? – przede wszystkim zwrócić się o to może podatnik, płatnik, inkasent, ale także osoba, która w związku z czynnością, której zamierza dokonać, liczy się z tym, że dotknie jej jakiś obowiązek podatkowy (czego wcześniej nie było) i w związku z tym taka osoba też może występować z wnioskiem o interpretację podatkową. Zaczyna się od tego, że wnosi się opłatę w wysokości 40 zł i następnie zadaje się pytanie, ale wcześniej opisuje się stan faktyczny i każdy, kto zadaje pytanie, ma obowiązek przedstawić własny pogląd, własną interpretację, jaka jest jego wykładnia przepisów. Do tego składa się oświadczenie pod rygorem odpowiedzialności karnej, że w stosunku do osoby wnioskującej nie toczy się podstępowanie podatkowe, kontrolne oraz że w sprawie, w której zadaje pytanie nie zostały wydane decyzje organów podatkowych, względnie wyroki sądów administracyjnych. Jeżeli wnioskodawca podał fałszywie te informacje, to wtedy odpowiedź, którą uzyskał nie chroni go przed konsekwencjami podatkowymi.
Oprócz indywidualnych mamy także interpretacje ogólne, wydawane przez Ministra Finansów, nie odnoszące się do pytania konkretnego podatnika, tylko adresowane do ogółu podatników i organów podatkowych. Podatnicy nie mają obowiązku się do nich stosować, ale organy podatkowe owszem. Od 1 stycznia 2012 r. Minister Finansów wydaje interpretacje ogólne na wniosek, z tym że wnioskodawcą nie może być organ administracji publicznej. Przykładem była kiedyś interpretacja ogólna, w której stwierdzono, że w obrocie między dystrybutorami handlowymi tzw. premie są usługą opodatkowaną VAT. Skutek był taki, że sądy uchylały decyzje, które określały zobowiązanie podatkowe w VAT do ponownego rozpoznania, organy były w takiej sytuacji, że były związane tą interpretacją i wydawały takie same decyzje. Sprawa trafiała ponownie do sądu, sąd znowu uchylał, dawał wskazanie organowi podatkowemu, co ma zrobić i co uwzględnić przy wydawaniu kolejnych decyzji i naczelnicy US mieli problem.
Zasada jest taka, że w większości podatnicy, którzy uzyskali odpowiedź, nawet jeżeli uważają, że ona jest błędna, stosują się do niej i wtedy są chronieni przed jakimikolwiek zakusami organów podatkowych i są chronieni przed postępowaniem karno-skarbowym. Ochrona polega na tym, że jeżeli interpretacja odpowiada, że nie musi płacić podatku, to on tego podatku nie musi płacić, a jeżeli obciąża go jakimś podatkiem, to ten podatek albo będzie kosztem albo będzie możliwość rozliczenia tego w deklaracji podatkowej. Nawet jeśli jego postępowanie będzie sprzeczne z przepisami ustaw podatkowych, co więcej, jeżeli potem się zmienią interpretacje (zmiana przepisów powoduje, że interpretacja traci wiążący charakter, bo ona się odnosi tylko do ściśle określonego stanu faktycznego i prawnego), to wnioskodawca nawet może żądać wydania decyzji określającej w jakim zakresie korzystał ze zwolnienia od zapłaty podatku na skutek udzielenia takiej czy innej interpretacji podatkowej. Forma interpretacji jest wykorzystywana przez podatników bardzo często, szczególnie przez osoby prawne.
Ordynacja podatkowa opisuje to w wielu artykułach (14a-14p), zawsze interpretacja dotyczy stanów przyszłych nigdy nie dotyczy stanów, które już się zdarzyły. Organ podatkowy, czyli dyrektor Izby Skarbowej ma 3 miesiące na to, żeby udzielić interpretacji indywidualnej i jeżeli nie zrobi tego w ciągu 3 miesiecy, to ustawa przyjmuje domniemanie, że ten pogląd, który podatnik wyraził w swoim pytaniu jest słuszny i nawet, jeśli byłby on błędny, to ma taką samą ochronę prawną, jak gdyby uzyskał tej treści odpowiedź organu. Z tym zaczęły się wiązać problemy, bo było wielu takich, którzy na 2 tygodnie przed upływem terminu nie odbierali poczty, powołując się na przepis, że interpretacja wchodzi do obrotu prawnego z chwilą doręczenia. Długi czas było to podtrzymywane przez sądy, ale ostatnie lata przyniosły zmianę i za datę wydania interpretacji uważa się datę podpisania. To z kolei może spowodować pewnie nieprawidłowości po stronie organów podatkowych. Jeśli w wydanej interpretacji organ nie rozstrzygnie wszystkich kwestii wnioskowanych w interpretacji, to jeżeli organ nie odpowie na jedno z kilku pytań, to można uznać, że się z nami zgadza. Jednak jeżeli odpowiedź jest niekompletna, to możemy uznać, że organ udzielił odpowiedzi i znaczy to, że musimy się stosować do sentencji, w której organ zgadza się z poglądem wyrażonym we wnioskum albo nie. Jeżeli się nie zgadza, to należy przyjąć, że w całości, i nawet jeżeli dalej nie wiemy co robić, to i tak nie przysługuje nam ochrona.