Reguła in dubio pro reo (w razie wątpliwości na korzyść oskarżonego) odnosi się przede wszystkim do zagadnień faktycznych. Do tej kategorii należą także m.in. stan poczytalności oskarżonego czy przyjęcie zamiaru ewentualnego zachowania sprawcy i tym samym zasada ta ma do nich zastosowanie.
Zasadę in dubio pro reo wolno stosować również do zagadnień natury prawnej, jeżeli po wykorzystaniu możliwych sposobów wykładni określona wątpliwość prawna nie zostanie usunięta; sam kodeks bowiem nie ogranicza owej reguły wyłącznie do wątpliwości w sferze faktów. Zasadnie zatem przyjęto w orzecznictwie, że jeżeli wskutek niedopełnienia przez sąd przy wydawaniu wyroku obowiązków wynikających z przepisów odnośnie do jego treści, w chwili wznowienia prawomocnie zakończonego procesu istnieją wątpliwości, z jakiego przepisu ustawy karnej zakwalifikowano czyn przypisany, a ze względu na ujemne przesłanki procesowe nie da się już tych wątpliwości usunąć – dopuszczalne jest zastosowanie do rozstrzygnięcia w tej kwestii zasady in dubio pro reo.
