Z dniem 23 listopada 2012 r. weszło w życie rozporządzenie Ministra Sprawiedliwości z dnia 2 października 2012r. w sprawie czynności administracyjnych związanych z wykonywaniem tymczasowego aresztowania oraz kar i środków przymusu skutkujących pozbawieniem wolności oraz dokumentowania tych czynności (Dz.U. 2012, poz. 1153), które zastąpiło poprzednie rozporządzenie z dnia 13 stycznia 2004 r. Rozporządzenie to uwzględnia w szczególności rejonizację osadzania w zakładach karnych i aresztach śledczych, przyjmowania, rozmieszczania i zwalniania osadzonych, poddawania osadzonego czynnościom identyfikacyjnym, obliczania okresu wykonywania kary i środka przymusu, wydawania osadzonych do udziału w czynnościach procesowych oraz godzin przyjmowania ich do zakładów karnych lub aresztów śledczych, a także postępowania z korespondencją osadzonych.
Od teraz od aresztu śledczego nie można przyjąć nikogo bez ważnego dokumentu tożsamości. Sprawdzenie tożsamości osadzonego w związku z przyjęciem do jednostki penitencjarnej, przetransportowaniem, wydaniem poza teren jednostki penitencjarnej, opuszczeniem aresztu na podstawie decyzji o udzieleniu przepustki lub w związku ze zwolnieniem osadzonego odbywa się w szczególności na podstawie danych osobowych, rysopisu i zdjęć, a w razie potrzeby przez przegląd akt ewidencyjnych lub teczki osobopoznawczej. Dokumentem niezbędnym do przyjęcia tymczasowo aresztowanego jest odpis postanowienia o zastosowaniu albo przedłużeniu tymczasowego aresztowania wraz z nakazem przyjęcia. W przypadku osoby pozbawionej wolności na terytorium innego państwa, czasowo wydanej w celu złożenia zeznań w charakterze świadka lub dokonania z jej udziałem innej czynności procesowej przed polskim sądem lub prokuratorem w toczącym się postępowaniu karnym jest odpis postanowienia sądu o umieszczeniu osoby wydanej w areszcie śledczym wraz z nakazem przyjęcia.
W razie skierowania do wykonania więcej niż jednej kary na podstawie jednego orzeczenia podstawę wykonywania tych kar stanowią dokumenty sporządzone odrębnie dla każdej kary. W takim przypadku wystarczy, że sąd prześle tylko jeden egzemplarza uzasadnienia do orzeczenia.
W nowym uregulowaniu przyjęto również zasadę, że samo otrzymanie zawiadomienia o uprawomocnieniu się wyroku skazującego I instancji nie jest podstawą do wykonywania kary więzienia, gdy skazanemu kończy się tymczasowe aresztowanie. Jeżeli dyrektor nie otrzyma nakazu przyjęcia do odbycia kary, wówczas taką osobę trzeba będzie obowiązkowo zwolnić w chwili kiedy upłynie termin aresztowania. Nowe rozporządzenie stanowi też, że aby zapewnić właściwą izolację tymczasowo aresztowanych osób powiązanych, dzieli się je na grupy, które powinny być rozmieszczone tak, by uniemożliwić przekazywanie informacji między różnymi grupami.