Kontroli podatkowej może podlegać każdy z podatników. Problematyka ta została głównie uregulowana w ustawie z dnia 29.08.1997r. – Ordynacja podatkowa. Co do zasady organem kontrolującym jest organ podatkowy I instancji stosownie do swojej właściwości. Do najważniejszych tego typu organów należą: naczelnik urzędu skarbowego, naczelnik urzędu celnego, wójt, burmistrz, starosta albo marszałek województwa. Kontrole podatkowe zawsze wszczynane są tylko z urzędu, co oznacza że nie możemy sami wystąpić o przeprowadzenie kontroli.
Osobą podlegającą kontroli może być podatnik, płatnik, inkasent, a także ich następcy prawni. Zasadniczym celem przeprowadzanej kontroli jest sprawdzenie, czy wymieniony wyżej podmiot wywiązuje się z zobowiązań podatkowych wymaganych prawem.
Najczęściej jednak w praktyce wszczynane są kontrole przez Naczelnika Urzędu Skarbowego. Wszczęcie takiego postępowania może nastąpić w trybie zwykłym lub w trybie wyjątkowym. Generalnie organ podatkowy ma obowiązek zawiadomienia o zamiarze przeprowadzenia kontroli podatkowej, choć zachodzą tutaj nieliczne wyjątki. Wszczęcie kontroli jest możliwe najwcześniej po upływie 7 dni od doręczenia zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli, jednak nie może nastąpić później niż przed upływem 30 dni od tego doręczenia. Gdyby organ chciał przeprowadzić kontrolę po upływie wspomnianych 30 dni, zobligowany jest do wysłania ponownego zawiadomienia. Na wszczęcie kontroli przed upływem 7 dni podatnik musi wyrazić zgodę.
Zawiadomienie o wszczęciu postępowania co do zasady powinno zawierać:
a.imię i nazwisko inspektora prowadzącego kontrolę oraz imiona i nazwiska pracowników jednostki organizacyjnej kontroli skarbowej, wykonujących czynności kontrolne,
b.przewidywany czas trwania kontroli,
c.miejsce prowadzenia kontroli,
d.zakres kontroli,
e.prawa i obowiązki kontrolowanego.
Ordynacja podatkowa nie wymaga podania przez organ podatkowy powodów wszczęcia kontroli podatkowej gdy :
1)kontrola:
a)dotyczy zasadności zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług,
b) ma być wszczęta na żądanie organu prowadzącego postępowanie przygotowawcze o przestępstwo lub przestępstwo skarbowe,
c) dotyczy opodatkowania przychodów nieznajdujących pokrycia w ujawnionych źródłach lub pochodzących ze źródeł nieujawnionych,
d) dotyczy niezgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej,
e) ma być podjęta w oparciu o informacje uzyskane na podstawie przepisów o przeciwdziałaniu wprowadzaniu do obrotu finansowego wartości majątkowych pochodzących z nielegalnych lub nieujawnionych źródeł oraz o przeciwdziałaniu finansowaniu terroryzmu,
f) zostaje wszczęta „na legitymację kontrolującego”, tj. w sytuacji, gdy czynności kontrolne są niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia,
g) ma charakter doraźny dotyczący ewidencjonowania obrotu za pomocą kasy rejestrującej, użytkowania kasy rejestrującej lub sporządzania spisu z natury;
2) organ podatkowy posiada informacje, z których wynika, że kontrolowany:
a) został prawomocnie skazany w Rzeczypospolitej Polskiej za popełnienie przestępstwa skarbowego, przestępstwa przeciwko obrotowi gospodarczemu, przestępstwa z ustawy o rachunkowości lub wykroczenia polegającego na utrudnianiu kontroli (w przypadku osoby prawnej ten warunek odnosi się do każdego członka zarządu lub osoby zarządzającej, a w przypadku spółek niemających osobowości prawnej – do każdego wspólnika),
b) jest zobowiązanym w postępowaniu egzekucyjnym w administracji,
c) nie ma miejsca zamieszkania lub adresu siedziby albo doręczanie pism na podane adresy było bezskuteczne lub utrudnione.
Kontrola powinna zostać zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie wskazanym w upoważnieniu.
Do podstawowych obowiązków kontrolowanego należą:
1)udostępnianie ksiąg podatkowych, akt i innych dokumentów,
2)przedstawienie na żądanie kontrolujących tłumaczenia na język polski dokumentacji sporządzonej w języku obcym,
3)umożliwienie- nieodpłatnie- filmowania, fotografowania, dokonywania nagrań dźwiękowych oraz utrwalania stanu faktycznego za pomocą innych nośników informacji, jeżeli film, fotografia, nagranie czy informacja zapisana na innym nośniki może stanowić dowód lub przyczynić się do utrwalenia dowodu w sprawie,
4)udostępnianie gruntów, budynków, lokali i pomieszczeń,
5)udzielanie w wyznaczonym terminie wyjaśnień dotyczących przedmiotu kontroli,
6)zapewnienie kontrolującym warunków do pracy, w tym w miarę możliwości udostępnienie samodzielnego pomieszczenia i miejsca do przechowania dokumentów.
Odmowa wykonania powyższych obowiązków, która nie jest niczym uzasadniona może prowadzić do zastosowania wobec kontrolowanego kary porządkowej do 2500 zł.
Jeżeli podmiotem kontrolowanym jest przedsiębiorca to ma on możliwość wniesienia sprzeciwu wobec podjęcia i prowadzenia przez kontrolujących czynności kontrolnych z naruszeniem obowiązujących przepisów . Sprzeciw ten wraz z uzasadnieniem wnosi się w terminie 3 dni roboczych od dnia wszczęcia kontroli do organu podejmującego i wykonującego kontrolę.
Wniesienie sprzeciwu powoduje wstrzymanie czynności kontrolnych, jednak mimo to kontrolerzy mają prawo do zabezpieczenia dowodów. Po rozpatrzeniu sprzeciwu organ wydaje postanowienie o odstąpieniu czynności kontrolnych lub kontynuowaniu czynności kontrolnych. Jeżeli przedsiębiorca wciąż nie jest zadowolony z rozstrzygnięcia, może złożyć zażalenie do organu II instancji ( rozstrzygnięcie nie później niż w terminie 7 dni od dnia jego wniesienia ).
Z czynności kontrolnych osoba reprezentująca organ kontrolny sporządza protokół kontroli. Dzień doręczenia protokołu jest równoznaczny z zakończeniem kontroli. Ujęte są w nim opisy dokonanych ustaleń faktycznych, dokumentacja związana z przeprowadzonymi dowodami oraz ocena prawna sprawy. Jeżeli nie zgadzamy się z treścią zawartą w protokole mamy prawo w terminie 14 dni od doręczenia protokołu przedstawić swoje zastrzeżenia lub wyjaśnienia. W wypadku braku złożenia wyjaśnień lub zastrzeżeń do protokołu kontroli, ordynacja stwarza domniemanie, że podatnik nie kwestionuje ustaleń kontroli.
Podatnikowi przysługuje także prawo do naprawienie błędów wykrytych przy okazji kontroli. Może dokonać skorygowania deklaracji ( prawo to jest zawieszone w czasie przeprowadzania kontroli w zakresie objętym kontrolą). Prawa tego nie stosuje się w zakresie podatku od towaru i usług, chyba że kontrola nie wykazała nieprawidłowości. W takim przypadku prawo założenia prawnie skutecznej korekty deklaracji wciąż jest możliwe.
Po zakończeniu kontroli może zostać wszczęte postępowanie podatkowe, które skutkuje wydaniem decyzji. Od tej decyzji służy odwołanie do organu podatkowego drugiej instancji. Wnosi się je w terminie 14 dni od dnia doręczenia decyzji za pośrednictwem organu, który wydał decyzję.
Ponadto kontrolującemu przysługuje także prawo wniesienie skargi na działanie organu podatkowego lub pracowników tego organu na zasadzie art. 227 KPA.